もしくは、すでに大まかな設定・ストーリー、主人公を含むキャラクターなどはできていて、思いついたアイデアを組み込む方法が分からないという感じでしょうか？
その場合でも、考え方は同じです。
主人公にとっての、物語全体を通しての最終目的。最終目的から派生する部分的な目的。そういうことを意識します。
そして思いついたアイデアが、その大目的か小目的のどちらかに係わる設定を考えればいいんです。目的を達成するための重要な要素であれば、主人公はほっといたってそれを手に入れようとして行動しはじめますよね？　それがストーリーです。