それは敵の設定によるとしか……
物語上の敵の存在が、会話できるのか会話以外でも意思疎通ができるのかそれともまったくできないのか、世界観やら対立構造やらによるとしか。
逆に「そういうシーンができてしまった」と言っていながら、そこまで物語ができているのに敵が喋れる存在なのかそうでないのかが決まっていないということ自体のほうがおかしいと思うんですが。まったくもってその部分がWhy? な感じです。
私だったらその部分はかなり早い段階で決まるんですけど……
フリーゲームの「シルフドラグーンゼロ」はシューティングゲームですが、敵とは意思疎通はできず、ただ行動パターンは研究されています。このゲームの最終目的は彼らに「撤退する」という行動パターンを身に着けさせる、というもので、主人公は「撤退が最良の判断と思わせるために、彼らにとっての避けるべき脅威となるように戦い続ける」そのために、敵を打ち漏らしても構わない、逆に少数であれば見逃したほうがいい、追ってまで撃墜してはいけないという指令を受けています。
私が思いつく会話できない敵ってそのあたりかな。会話ではなく行動で示す、そのやり方はいくらでもあると思います。