＞ライトノベルでいうと単行本２～３冊分ぐらいの内容になりそうな予感がしてきています。

はい。そのぐらいにはなるでしょうね。

＞②様々な事件を通してサムライの過去や、少年との本当の関係などを明らかにする中で仲良くなる。

書きようによっては、これだけで２～３冊分以上使ってもおかしくないです。

＞内容をカットして１冊分にまとめて短くすべきか、３冊分ぐらいになりそうでも予定通り進めるか

前者が①～③の流れを無理やり１冊分に凝縮するという意味ならお勧めしません。ただし、①だけを少し変えて１冊分くらいにまとめ、ちゃんと完結させることは可能だと思います。

サムライと少年が出会い　→　最初は不仲だが　→　衝突しながら一緒に事件を解決し　→　少しだけ互いを認め合う。

１冊分ならこんな感じでしょう。長編のプロットというのは何らかの事件をはさんでキャラが変化するビフォー・アフターを読者に見せればいいんです。その変化は、「最初は不仲」→「少しだけ認め合う」というくらいで十分。「最初は不仲」に対する着地点として回収できてさえいれば、立派に完結していることになります。そこを不仲から親友にまでなってしまうような大きな変化にしてしまうと１冊分では処理するのが難しく、御作はそれをやろうとしているから２～３冊分の構想になっているんです。

要するに１冊分にしたければ１冊分に相応しいプロットや内容があり、数冊分にしたければ数冊分に相応しいプロットや内容があるだけです。やりたい方をやればいいだけで、初心者ならどちらを選択した方がいいという問題ではありません。もっと肝要なことは、尺に相応しいプロットを見極めることができるかどうかです。

また、短編型の作家と長編型の作家には資質の違いがあり、人によっては短編をいくら書いても長編の練習にはなりません。サザエさんのような四コマ漫画をたくさん書いたら『ジョジョの奇妙な冒険』のような作品を書けるようになりそうな気がしますか？（どちらも優れた作品だと思いますが）
　そういう意味でも、短編を書きたいなら短編を書いた方がよく、長編を書きたいなら長編を書いた方がよく、大長編を書きたいなら大長編を書いた方がよいと思いますよ。