嫌いな理由をよく考えて、そこをクリアした作品を作ることかな。
例えばだけど、わたしはチート自体は嫌いではないけれど、それで調子に乗り過ぎてる主人公は嫌ですが（たまにドヤ顔決めたくなるのは許す）。

……というか「チート」という言葉自体、なろう小説あたり（オンラインゲームの普及あたり？）から出たものだけど、本来漫画の主人公とかって昔からチートばっかりなんですぜ。ジャンプ系とか特に。
ただ、絵的に映えるから気にせず許されるとか、相手も相応にチートだから気にならないだけとかで。

でも、だからといって「それに見合った敵を」とかやっていくとパワーインフレになるんですよ。不自然なまでの。

荒木飛呂彦氏は、ファンから「もっと強い敵を出してほしい」という要望に「本当に強い人は、悪いことはしないと思う」と返しています。

与えられたチート能力に対して、その持ち主がどうそれをとらえているのか。
ここで善人ぶりすぎても「あざとい」感じになったりもするし、まずは自分が長期にわたり付き合うのに納得できるキャラを考えてみてはどうかな。