オーバーロードの話が出ているので、私からも１つ。

「ログホライズン」をご存知でしょうか。
あの世界の冒険者（ＰＣ）は、皆がアインズ並の化け物で、さらに不死です（死ぬ事はあるが一時的で、すぐ復活する）。
ＮＰＣは大地人と呼ばれていて、独自の暮らしを営んでいますが、ＰＣに対してほとんど無力です。
下手したら、ＰＣに素手で殴られても死ぬレベルです。

冒険者の中にも、善玉と悪玉のグループがあって、「プラントフロウデン」というＰＣの組織は、ミナミの街（関西地方で唯一の大掛かりな拠点）を一党独裁で牛耳っていますが、そこの大地人が不満を漏らすかと言うと、割とそれなりに暮らしていたりします。

つまり、統制の取れた悪は、実はそんなに悪では無いです。
「宇宙戦艦ヤマト」の「ガミラス」は、地球側にしてみたら悪ですが、視点を変えれば純粋な悪でも無かったりしますし。
アニメ「鉄のラインバレル」でも、「加藤機関」は世界を征服しましたけど、統制の取れた悪でしたし、結果から言うと実は悪でも何でも無かった訳です。

ただ、統制の取れた組織と言っても、ショッカーは純粋な悪だったりしますが、あれはむしろ「テロリスト」です。
テロに正義はありません。それはお解りになるかと。
あ～、でも見方によれば、テロリストなのかレジスタンスなのかは、それぞれ違って来ますけどねｗ

オーバーロードのアインズ側も、統制の取れた悪だと思います。
７万人を一瞬で殺しても、あれは軍隊で戦争ですしね。無関係な一般人（ただし、悪人や歯向かう者は除く）は、極力殺さない様にしていますし、むしろ人間側の方に腹黒いのが多いｗ

まあ、つまり、筋が通っているかいないか、それだけだと思います。
ヤ○ザと暴○団の違い、と言ったところでは無いでしょうかｗ