作者が主人公に自己投影すること自体は、別に良いことでも悪いことでもないと思います。そもそも主人公を視点人物にした場合、誰でも少しは自己投影が入ってしまうものでしょう。
注意点があるとすれば、

・やりすぎると作風が偏る。
・主人公のキャラを作者が客観視できるかどうか？

といったあたりでしょうか。
蛇鷲さんがこのような質問をしたということは、ご自身でも少し懸念を感じるからではないでしょうか？　そうであれば、自分と違うタイプの主人公を作ることにも目を向けて見るといいかもしれません。