いちおうプロットの時点で話の規模は分かりやします。
　とにかく10万字は越えなければならないと思ってプロットを立てるから、その時点で話が膨らみすぎるのですかね。加減が分からないといいますか。正直、何作書こうが初心者から抜けきれず、いつまで経っても慣れません。
　10万字を越えると悟った時点でなんとかするべきですね。私の場合は登場人物・設定を削る方向で調整するときがあります。それだと逆に量が増えるときもあるため、最小構成から計算したほうがいいでしょう。
　短編を書き慣れていないのも、問題かもしれません。