＞最近になって気づきました。話が予定より長くなるのは、長編に対する苦手意識からくるものではないかと。
＞　最初に(連載以外で)10万字を目指して執筆したときは文章量が足りず、苦戦した記憶があります。そのときのインパクトが強くて、プロットを作り込みすぎてしまうのだと感じました。

＞私の場合は長めの型に肉付けする形で、プロットを決めています。そうでないと不安になるからです。

ということは、七梨さんのプロット感覚が逆に長編向きではないのでは？
素で考えて立てたストーリーが10万字にならなかったので闇雲にエピソードを追加する形で水増ししようとした結果、バランスを崩して収拾がつかなくなっているということではないでしょうか？（失礼な言い方で申し訳ありません）

＞起承転結にサブプロットを一つ追加するだけでもいけるような気がするため、

起承転結＋サブプロット一つ、ではなく、起承転結だけでプロットを立ててみることをお勧めします。
それだと、10万字になりませんか？
その場合は、

１）10万字相当のプロの作品をプロットに還元してみる。それを基にして、七梨さんの新たな型を作る。

２）起承転結ではなく、三幕構成をマスターする。

このどちらかを推奨します。
三幕構成というのは序破急と混同されている方がいらっしゃるようですが、まったく別物です。アメリカの映画屋さんが劇場映画１本（約120分）のストーリーを効率よく作ることを目的として考案したプロット作法で、各パートの尺のバランスが重視されています。内容的にも起承転結より精密な設計法なので、参考になるかもしれません。