一つのメインプロットと複数のサブプロットがあるのは別に問題ないと思うんですね。この場合のメインプロットというのは物語の本筋という意味で、起承転結とは無関係です。メインプロットとサブプロットの集合体が起承転結（三幕構成でも同じ）なのであって、そこまで考えて作り込めば起承転結だけに基づいて組んだプロットでもけっこう複雑な構造を持つものになるはずですよ。

起承転結も三幕構成も、基本的には大枠としての入れ物でしかありません。ただし、物語に必要な要素はすべて（サブプロットでもキャラでも設定でも）その入れ物に入れてしまいます。
で、実際問題として何をどう組み合わせて入れるかですが、そこが曖昧なのが起承転結の欠点です。三幕構成はそういう部分が論理的に整備されている点で勝ると思うんですね。だって映画って企業ベースの共同作業で作るものですから、すぐに実践できて他のスタッフと共有できるものでなければ役に立たないわけです。