『ノーゲーム・ノーライフ』のことは知らないんでそこについては言及できませんが、どっちも描く人間としては文章出来あがってないのに絵を依頼されて本文内容と違って困った！ それで人によっては作家のほうが絵に合わせて内容を変更する、ということもあったりするんですよ。基本的に文章と絵では文章のほうが直しやすいため。そのへんの裏事情は各レーベルごとですが、いちがいに絵描きが悪いというわけではないこともある、と思ってください。むしろ無茶ぶり過密スケジュールが元凶だったりすることもあるので……

>例えば主人公の住む場所が起伏が多い土地だと事前に説明されていたとしても、次の瞬間には一面に平野が広がっていてもいいと思うのです。

……と、いう意味で、文章とイラストの齟齬はまあ多めに見てねテヘペロって感じもあるのですが、同一人物が担当しているはずの文章でそれをやろうというのは……あまりおすすめできません。

ですが、柔軟な発想は必要だと思います。
「起伏の激しいこの近辺の土地で、唯一のなだらかな地形が望めるこの風景が、主人公のお気に入りだった」とかね。
矛盾はできればつくりたくないものですが、例外の可能性はいくらでも転がっている。そこをうまく利用するようにしてみてはどうでしょうか。