すみません、同一人物が文章と絵を担当しているということでしたね。
率直に言えば単に日本人という設定の場合は、黒髪なのは当然のことなので多少の髪色の差は気にしないで問題ないと思います。目の色も黒・茶色・それ以外などの表現差はいろいろあると思います。

髪もですが目の色などに関してですが、漫画家などはカラー原稿の時に特にそれらの色を決めていなくてその都度変わったりしますが、リアルに考えると「光源」によって色というのはけっこう変わります。朝日だったり夕日だったり夜中だったり照明の色だったりでどうにでも。
ただ何の脈絡もなく文章で理由もなしに色が変わっているのは納得いきませんが。それだったら最初から髪や目の色を描かないほうがいいです。

確かスレイヤーズのリナは栗色の髪ということで、初期のイラストもそうなっていましたが、おそらく画面映えしないためにどんどん赤毛っぽくなっていったとかありますしねー。

結局のところ、作者さん本人がどこまで許容範囲？ということになるんじゃないかと思いますが。