＞よくある以下のパターンはそれに当てはまりますか？
「よくあるパターン」ってのは展開を指して言っています。
例えば「曲がり角で同じ学生服の異性とぶつかる」こういうシーン単体の事じゃなく、「ぶつかった異性が転校生としてやってきた」という展開のこと。
前レスの例で言うと「フラれた」というシーンから「やけ酒してる」という展開が「よくある」という話です。
この「よくある」というのも極力わかりやすい例えとして表現しているだけで、正確には「ありがちな」というか「想定しやすい」というか、「イメージしやすい」といったら身も蓋もないけど、結局は「流れで連想しやすい展開」です。
テンプレをはじめ王道など誰でも知ってるような「よくあるパターン」は、知ってる以上その連想がしやすいよね、というだけの話。

なので、「仲間に銃を向けられる」という場面が連想しやすい前準備が必要でしょうね。
例えば、
「主人公が甘い理想論を言う」「理想論を看過できない仲間に銃を向けられる」「こういう裏切りもあるぞと諭して引き金を引き、ただのクラッカーだと笑って驚かしたことを詫びる」
という展開ならよくあるんじゃないでしょうか。
「理想論が嫌いな仲間」と「それを目指してる主人公」という図があれば、主人公が甘い理想論を口にすれば二人が衝突することは容易に想像できるでしょ。もちろん「衝突する図」が見えやすければ理由は何でも良いわけだけど。
意外性を書きたいなら、この展開のおかげで「仲間はやっぱり信頼できる」と考えるので、「信頼を得るために一芝居打っただけで、本当にスパイだった」みたいなオチにすると意外性が出てきますね。

＞読者は多分、仲間キャラにいきなり銃を向けられたのでそいつが裏切った、銃の中にあるのはもちろん銃弾、と理解すると思うのです。
そもそも大前提として「主人公が死ぬわけない」ので、「相手は撃たない」「主人公が対処する」「芝居だった」「空砲」「横槍が入る」という、「主人公が無事」である事をイメージします。
なので、「仲間のジョークだった」というのはむしろ想定内でしょう。銃を向けられただけで「裏切った」と思うことはないかなと。
少年誌をはじめアクションは好まれるけど、この「主人公が死ぬわけない」という大前提は物語的にも覆すことが難しいので、主人公が活きるか死ぬかという場面をスリリングに書くのは本当に難しいです。
「どうせ無事なんだろ？」という感覚がどうしても読者の中にあるので、これを打ち消すための工夫を凝らさないと「仲間の裏切り」などの場面をうまく書くことは難しいです。
それをした上で「マジで裏切るのか」と思わせられれば、「実はクラッカーでした」とジョークで〆るのは意外性になるでしょう。
でも前述した通りすんごく難しいと思う。