まず、プロットはプロット相談板がありますので、そちらのほうが意見を貰えるでしょう。

次に、ストーリーへの意見ではなくプロット自体の意見ですが、既に指摘がありますが、長いです。
短けりゃ良いというものではないし長くてダメということもありませんが、御作のプロットは「まとめきれてないために長い」ので、プロットとして難があるかもしれません。

そしてストーリーについてですが、
＞何となくで話が進むので、平坦な感じがしてしまいます。
とあるので自覚はされてるようですが、おそらくその認識は正しいかと思います。
別に一話の中で完結してなけりゃダメってわけでもありませんが、一話、二話、とある以上、一話は「一つの話のまとまり」なので、そこでピックアップされる話題がなけりゃいけない、と個人的には思う。
それが上手くいってるのは三話と四話だけかなと感じる。
四話は、「人気玩具がバッタ物」という入りから「怪しい商品が出回ることはなくなった」で〆られてる。
つまり４話はその過程が物語になっていて、ストーリーとして成立しています。
ついでに三話は「古墳遺跡に迷い込み、生還する」というストーリーですね。この場合二話は三話の導入でしかないので、まとめたほうが良いでしょう。
さて。では、同じような視点で他の話を見てみるとどうでしょうか。
５話は「文化祭を開催する」から始まって、「災害予測から一次避難することになった」と〆られてる。話になってません。
この場合、「文化祭を開催する」から始まるなら「災害予測が入り、文化祭は途中で台無しになってしまった」となったほうが話がまとまってるでしょう。
「せっかく助っ人で頑張ってたのに災害予測で台無しになった」というストーリーになるので。

他の話も似たような感じがあります。
おそらく「何となく」で考えたために、雰囲気と流れで展開を考えたのかなと。
このため、前後の話題の関係性が理解できず、なんでそういう展開になるのか、というのがいまいち理解しにくかったです。
後半になるといきなり国連組織が出てくるので、これまで日常に溶け込んでた謎生命体が唐突に未知なるものになって、どうイメージしたらいいのかわからなくなった。
一次避難から先の展開は、いきなり別の小説を読み始めたような違和感があります。
邪推になりますが、「パンチを」と考えた結果、ぶっとんだ展開になったのではないかなと。
後半で国連組織を出すなら、それに関する事を序盤から張っていったほうが良いでしょう。
遺跡や留学生など一応伏線になる要素はありますが、イマジウムの説明を聞かないとわからない事で、つながりが見えにくいです。
イマジウムに関する説明は、というか一次避難から主人公を拘束して国連組織へと連れて行った人物は、留学生ってことにしたほうが良い気がする。
そしたら「帰ったはずなのに、どうしてここに」となるし、イマジウムの設定についても耳を傾けやすい。そのうえ、「それで古墳遺跡の話につながるのか」と理解できる。
普通の説明でも理解できるけど、その説明を留学生がすることで一気に腑に落ちると思う。
前半の「謎生物がいる日常の話」と「国連が出てくるイマジウムの話」で、「留学生」をキーにして繋がりが見えてくるしね。

それでおそらく本題の
＞テーマは、心の持ちようで世界は変わる、というものです
このテーマですが、残念ながら伝わってこなかったです。
確かに「一次避難して国連組織へ」を境に世界観が変わってるように見えますが、心の持ちようは伝わってこないので、いまいちピンときません。
でも、言われてみればそういう工夫があちこちにあったのかな、と思えるとは思います。
イマジウムの設定もその一つですよね。
でも、「心の持ちようで世界は変わる」なら、「変わる前」と「変わった後」の事が理解できないと、伝わってきません。
それについて明確に書かれていないかと思うのですが、見過ごしや読み込みが足らなかったのなら申し訳ありません。

それと、ついでに。
＞ヤマ場の見せどころがよくわからず
テーマが「心の持ちようで世界は変わる」なのだから、「変わるとこ」が山場です。
でも、「そこが盛り上がる」のではなくて、そのテーマなら「そこを盛り上げなきゃいけない」です。
そして、少なくとも私には「何がどう変わったのか」が伝わってきてないので、おそらくパンチを意識してる・ヤマを意識してるんだろうな、ということはわかりますが、懸念されてる通り得るものがないような印象です。