プロットがまとまらないというのがスレの趣旨だったので、参考にと思って疑問点を強調して書いてしまいましたが、イマジニアというアイデアそのものは意欲的で良いと思いますよ。
人間の精神の影響を受けて不思議生物や怪物に変質する、エネルギー資源にもなるという存在の原理あるいは原点がなんなのか。それをもう少し明確にしていただくといいかもしれません。

「心の持ちようで世界は変わる」というテーマについて。
イマジニアの性質に絡んではいるようですが、そういう言葉で表現されると平凡な標語のように聞こえてしまいます。
「イマジニア」「深月の覚醒」「主人公の存在理由」「人間の精神の影響によって世界が変わる」
これらがクライマックスで一挙につながるような強烈なイメージを作ることが最重要で、それさえできれば言葉だけの取ってつけたようなテーマは不要じゃないかと。

……すみません、指摘だけじゃなくて、どうすればそれが実現できるかが聞きたいんだと言われてしまいそうですが（汗
パーツは魅力的なものが揃っていると思うので、どこに集中してプロットを整理するとよさそうか。その方向性についての私見を書いてみました。