私は既存の名前を借りた別物はむしろリスクが高いと指摘します
なぜならば、既存イメージが付きまとい、読者に誤解を招きかねないからです
そしてバジリスクはかのハリー・ポッターに登場するほど有名で、読んだ時点で石化させる蛇という強い固定観念が浮かぶため、貴殿のイメージする小型恐竜を伝えるネーミングとしては著しく不適切と思います
そもそもバジリスクは元ネタからして強力な魔物であり、雑魚敵として使うにはあまりにそぐわないかと。
スライムやスケルトンが雑魚扱いされるのとは違いますからね
もしそれでも敢えて使うなら、バジリスクと思ってびびってたらただの雑魚恐竜だったぜ何だよ驚かせやがって！このやろう！みたいにギャップとして使うならありかもですが。
ただその場合は、バジリスクは強敵のはず、石化を使ってくるはずという主人公側の思い込みが前提ですし、思い込みに至る理由が欲しい
で、まあ普通に雑魚竜イメージとしてならワイバーンのほうがよいかなあ。砂漠竜≪ワイバーン≫とかルビ振ればなお完璧です

どうぞ参考までに