ちょっと発想をかえて、
>人類が90%滅亡してくれるのか？
こっちに舵取りした方が良いように感じました。
物騒な物言いですが、人類滅亡より難しい条件です。
地球上で過去に起きた大量絶滅の原因ですが、その発端は火山活動が最も多いとされています。（以下含めて、あくまで現在の有力説です）
90％以上の絶滅というとペルム紀になりますが、大量のメタンと酸素が化学反応を起こし、海も陸地も酸素濃度が変化しています。この時期に人間なんてもちろんいませんが、それに耐えられた僅かな生物が生き残っただけという、ほぼ生物リセット状態。
同じ状態ですと、人類なんかはイチコロですね。
恐竜絶滅の原因（の、ひとつと推測されている）隕石落下ですが、これで下がる温度は平均気温で10～16℃です。
もちろん環境にとって大打撃ですし、人類にとってもそうですが、
>私はこの話のラストに人類の90%近くを絶滅させようと思っております。
主人公を中心とした一世代の物語なら、ちょっと90％は難しいように感じ、あまりスッキリしないように思います。（参考までに：人肉を食べたと伝えられている天明の大飢饉。おおよそ5年間続き、被害が最も大きい東北で30～40％の方がなくなっています。一方で江戸は5％未満）難しいというのは当時、作物の北限がもっと南側。現在は品種改良がすすみ、米を例にしても北海道で作ることができます。
もうひとつ。
この場合は（直球ど真ん中で）ラストの世界背景（と、登場人物）を飢饉に追い込むことになりますが、そういった出来事が小説がもつムードと一致するか、ですね。
リアルに舵取りしついでに。
人類絶滅、文明崩壊のリスク緩和を研究しているCSERという研究機関がケンブリッジ大学にありますので、リンクを張っておきます。https://www.cser.ac.uk/
隕石衝突はもちろん、シミュレーション仮説まで様々、考え得る人類に対する脅威が報告されているのですが『90％の死滅』という条件で使えそうな事柄を消去法で選ぶと、バイオハッキングでしょうか。
これはクロウドさんと蛇鷲さんが既に書かれていますね。
CSER内の記事にも【抜粋：博士課程修了者は、ほぼ独力により馬痘を6ヶ月で再現できた】という一文があります。（馬痘：天然痘に似た馬がかかる病気）
注目は『（増やしたのではない）再現できた』という部分。
国家規模の軍事目的をターゲットにしていれば良かった時代ではなく、専門知識を持った個人に病気が作れてしまったということです。
これを土台に（病気は架空で良いと思います）90％の人類を死滅させる条件を書きます。
１）空気感染による、強い感染力と発症力
２）数年におよぶ無症候キャリア期間
３）ほぼ100％の死亡率
言葉にすると『健康上問題なく症状もない、けれど伝染性だけは強くあるという期間が数年あり、キャリアと接触せずとも空気でばらまかれ、感染するとほぼ100％発症し、まず助からない』
代表格として、
１）は麻疹、
２）はＨＩＶ，
３）は狂犬病
航空機によってあっという間に全世界にばらまかれますので、強い感染力によりほぼ全人類が罹患するはずです。
新薬の開発には治験をすっ飛ばしても”年”がかかりますし、症状もでていない新薬の開発なんてされるはずもなく、治療法は追いつかないでしょう。
残り10％の生存ですが、これは実際にCCR5-Delta 32という変異遺伝子がありますので、これをモデルにすれば解決するはずです。
詳しくはググってもらうとして簡単に。
CCR5-Delta 32ですが、２）で書いたＨＩＶ（エイズですね）に耐性を持つ、ということで10年ほど前に話題になりました。
白血病にかかったＨＩＶ患者の治療のために骨髄を移植したところ、患者の血液中からＨＩＶウィルスが検出されなくなりました。骨髄のドナーを調べたところ、この変異遺伝子が発見された、というわけです。
この変異遺伝子を持つのは欧州の白人に限り、その割合も1～3％程度。この変異遺伝子ですが天然痘にも耐性を持つことが確認されており、おそらく黒死病（ペスト）にも耐性を持つらしい。（天然痘はワクチンだが、ペストは現在抗生物質による治療がされるので、たぶんデータ不足なのだろうと思います）一説では『白人を絶滅から救った遺伝子』とも。
余談ですが日本人にこの遺伝子を持った人はいないそうです。Safer sex。
変異遺伝子そのものは珍しいことでありません。普通にあるけれども、それを発見するには理由が必要ということですね。前述を例にするとＨＩＶ患者の血液からウィルスがなくなった、のが発見の理由。
これを10％の生存に利用すれば（場合によっては割合の変化も可）、90％の人類が死滅します。
作中で選民思想的にならないように気をつけなくてはいけないと思いますが、比較的簡略化して書けるとも思います。
執筆されているのが児童文学ということですので、『病気にかかる人と、かからない人がいた』『病気にならなかった人は平気だった』で良いのではないでしょうか。
ではでは、執筆頑張って下さい。
応援いたします。