＞ラストに人類の90%近くを絶滅させようと思っております。
数字を考えないほうが良いかと。
それは設定上の話でしかないので、原因は何でもいいから「多くが亡くなった」とすれば良いだけ。
つまり。
設定上９割の人類が消え、主人公の周囲には仲間が数人いる。という状況と、
設定上１割の人類が消え、主人公の周囲には仲間が数人いる。という状況では、
これ、物語を語るうえで設定以外のどこが違うのか、という話。
同じでしょ。
９割じゃなくて「絶滅に近いほど人類が消えた」という形になれば良く、８０％でも９９％でも別に問題ないと思う。

ほんで、「絶滅に近いほど人類が消えた」を実現したいなら、そういう設定を作りゃいい話。
すごくシンプルな答えを出せば「死亡率９０％の新種のウィルスがばら撒かれた」とかすりゃそれで解決。
あるいは「人類のみを標的にした攻撃で１割を残して全員死んだ」とか。
徐々に衰退させたいなら、「人類から生殖機能がなくなった」とすれば、二十数年で半分以下になるんじゃないかな。人類の平均寿命が８０歳だから、人類に残された時間は８０年ってことになる。少子高齢化を考えると最初の１０年でかなり減るね。
要するに「九割死ぬだろう設定」を作りゃいいだけで、「現実的に九割死ぬだろう手段」を探す必要はない、という事です。
エヴァンゲリオンもラストは二人残して人類は絶滅するけど、てか正確には同一化したのかな、まあともかく「そういう設定」なだけでしょ？
映画版バイオハザードでは３以降世界が滅亡してる感じだけど、これは「バイオテロ」「バイオ災害」っていうその物語の設定でしかないでしょ。
そういう設定を作りゃいいだけですよ。