＞そういうことにしてしまえばいいということですか
そうですね。
というのも、「現実的な手段」を考えると、その設定が浮いちゃうんですよ。
物語に溶け込まないんです。
例えばバイオハザードの場合、「ウィルスによってゾンビになる」という設定で「そういうウィルスがある」という設定ですよね。だからゾンビパニックの話になる。
まあ、正確には「ゾンビパニックの話だから、原因をゾンビウィルスにした」という話なんだけども。
だから、「どういう話をかくのか」という設定から「こういう原因」と導き出すのが一番物語に馴染むもので、物語と関係ない「現実的な手段」を考えると、話と関係ないもんだから、その設定が浮いちゃう。

極端な事を言えば、「人類が衰退し荒廃した世界で突然変異した怪物と戦いながら生存する主人公」なんて雰囲気を考えてるとして「人類が衰退したのはパンデミックが起こったからで、抗体のある一部の人類だけが生き残った」と設定すると、「突然変異した怪物」と「パンデミック」がつながらないので、設定が浮いちゃってる。
まあ、バイオハザードよろしく「パンデミックのウィルスが原因で怪物化した動物たち」とかすればつながるけどね。
でも、少年向けエンタメ的に言えば「寄生型の未知の生物が人類を絶滅に追い込み、寄生型生物は生命を次々と怪物にかえていった。そんな怪物と戦いながらサバイバルする主人公の話」という感じなら、要約すると「人類を絶滅に追い込んだ寄生生物と主人公の戦い」という話になるので、人類が絶滅の危機にある理由や原因と物語が上手く馴染む。
終末モノは「普通の社会」から「荒廃した世界」に変じるので、いま三毛さんが悩んでおられるように、どうしても「荒廃した理由」に目が向きます。
すなわち、それが物語のテーマに繋がりやすい設定になるので、物語を考えずに「理由」単体で考えると設定が浮いちゃう。
例えばパンデミックなら原因は「ウィスル」や「病原体」なので、「ワクチンを探しに行く」とか「治療法が見つかったけど問題があり、それを解決する話」といった形になる。
「荒廃した理由」と「物語の主旨」は、連動してるってことがわかりますかね。

なので、これは言い換えると、まあ、かなり雑な言い方ですが「物語にあわせて適当に作ればいいんだよ」ってことです。