ケンブリッジ大学のレポートには、人類滅亡の10のシナリオというものがあります。調べればすぐに出てくると思うのですが、
1 人工知能の反乱
2 未知のウイルス
3 殺戮ロボット（AIと似ておりますが、ロボットは物理的被害、AIはロボットの形を取らずに核の発射システムにアクセスできる、との違いがあります）
4 核戦争
5 気候変動
6 隕石の衝突
7 食糧危機
8 量子加速器によるブラックホールの誕生（ヤバイ実験に失敗したと考えるとアイデアが広がるとおもいます）
9 人類全体を支配する独裁者の誕生
そして10個目なのですが、『私たちの暮らしている世界がただのシミュレーションである』ことが証明されること、だそうです。個人的にこれはおもしろいと思います。世界最高峰の大学が実際にその可能性が20〜50%あるというのです。
以上が人類滅亡10のシナリオの内容ですが、これを元に架空のウイルスや架空の自然災害などを盛り込んでストーリーを展開していくと良いと思います。
また、さらなる11個めの可能性として、人類でない高度文明との邂逅、つまり地底人や宇宙人との遭遇があります。これも参考にしてみて下さい。
質問者様の要望通りに人類が90％滅亡すると考えた時、丁度90%滅亡する理由よりも『人類が10%生き残れた理由』を考えると簡単ですしさらにそこを鍵に物語を進められます。
引用多めになりましたが、参考になれば幸いです。