初めまして、日暮一星です。
雨月様の書き方であったり、実際にその作品を見ないことには分かりかねますが、違和感のあることなら自分も書き始めて間もない頃に経験があります。本当に書き始めたばかり頃なので、その書いていたものがそもそも作品と呼べるものなのかというレベルでしたが、自分の場合は主に文章でした。
簡単に言うと、当時の自分が書いていた文章が酷く薄っぺらいものだったんです。一人称の文章で、地の文が全体的に語り手(主人公)のぼやきのような感じでした。この正体に気付けず、次のページを書き始めようとしては前のページを読みふけり、何度も無意味な推敲をしたり修正をしたりという繰り返しです。その結果、その作品や自分の力量に自信をなくして放棄したりと。この経験から三人称視点で書き始めて以降、今度は設定やストーリーに『これでいいのか?』という疑問が湧いて出てきたのですが……。
今でも自分の作品に対する違和感や疑問など尽きることはありませんが『創作は試行錯誤の繰り返し』という解釈で開き直って作業しています。少なくとも、違和感なくすらすら一冊が書けるほど創作は簡単ではないし、仮に可能であってもそんな才能は自分にはないと考えています。
もし『違和感が気になって執筆できない』ことに悩んでいるのなら、強引にでもまず形にする(一冊にする)ことに集中したあとで、思う存分その違和感と向き合ってみるというやり方をしてはどうでしょうか。今の自分の書き方もそれと似たようなものです。ラノ研でも言及されていたと思いますが、少なくとも推敲のやり過ぎは作品にとっても書き手にとってもなんのプラスにもなりません。形にならないと、その作品にあるであろう違和感の正体にも気付けないと思うので。