主権が史実と違うのであれば幕府が出てきた段階で、室町時代をモチーフにした架空の歴史であることは読者に伝わると思うので、特に序盤で説明しようとか意識しなくても大丈夫な気がします。そもそも読者は歴史が知りたくて小説を読むわけではないので、史実通りの室町時代と違ったからといって、騙されたと怒ることもないでしょう。
たとえば藤沢周平の時代小説には海坂藩という架空の藩が登場するし、古代のインドを舞台にした映画のバーフバリでは、マヒシュマティ王国という架空の王国を舞台に王家の跡継ぎを巡る争いが描かれますが、とくに"この歴史は虚構である"というような断りは作中にはなかったし、エンターテイメントっていうのはそもそもそういうものでしょう。娯楽としてよくできていれば、海坂藩やマヒシュマティ王国が実在していようがいまいが読者にとっては関係ないことです。