なじみが薄いということは、あまり先入観が刷り込まれていないということでもありますから、ファンタジーとして自由に表現するには室町時代は有利とも言えるかも。
スレ主様の意図が、「室町っぽさ」を作品背景の雰囲気にしたいだけで読者に特に室町を意識させる必要がないなら、むしろ細かいことは気にしないで書きたいように書いてみるだけでいいんじゃないかとも思います。