ギブスンにしろ士郎正宗にしろ、ライトノベル的かどうかはわからないけどポップではあるじゃないですか。ポップさこそが時代を越えて読みつがれる原動力だと思う。僕っ子もポップですよね。ラノベ的な文脈を外しても、あえて一人称を普通じゃなくしている人間というキャラクターが立っている。何かこだわりがあるのかもしれないし、あるいはただの癖なのかもしれないけれど、いずれにしてもこいつは普通じゃないということが台詞を聞いた瞬間に読者に伝わる。そういう意味で悪くないと思いますよ。世界観がライトに見えるのは作品の瑕疵ではなく、むしろ強みにすらなりえます。
作品の空気感から浮いてしまうかどうかは設定次第のような気がします。たとえば家庭の事情で15まで男として育てられたとか、職場が男社会なので女らしさを意識して押し殺しているとか、あるいはサイバーパンク的世界観なら現代より性差が曖昧になっていて女性の一人称が僕でも不自然でない社会であるとか、そういう感じでうまく設定をつければ、彼女があえて僕と名乗ることそれ自体が、彼女の内面とか意思の表現にもなるわけで物語世界とも調和が取れるのかなと。