中性というのは、生物学上の性別とジェンダー・アイデンティティに差異があるということでしょうか。となると、テーマとして語りたいのは以下のような内容でしょうか。

■テーマ概要
現実において、生物学上の性別は「選択の余地なく与えられたもの」。それを「選択できるもの」にすることで物語の主体が「決断のリスク」を自覚せざるを得ない状況を作って、「どちらの性を選ぶべきか？」という主題を語りたい。

となると、作中で以下は語る必要がありそうです。

①中性（未分化）であることのメリット・デメリット
→「そのままでもいいんじゃない？」という選択
②男性であることのメリット・デメリット
③女性であることのメリット・デメリット
④物語主体の「どの性への分化するのか？」の決断とその決断の根拠。

この時、性別を決めないことに対するリスクがあって「タイムリミットを過ぎると生殖機能を失ってしまう」みたいな設定があると、決断を後押しする展開が作りやすいと思います。有性生殖能力がなければ性別はないので、これは「中性（未分化）」から「無性」という選択になりますね。

ついでに、「未分化状態から分化後、性別は固定されるのか？　分化後も外的因子によって性転換が可能なのか？」という設定は決めておく必要があると思います。

世界観は「人間が性的に未分化であることは当たり前」の世界にして、社会構造はもう語らない方向のほうが楽でしょうね。語ろうとすると、テーマとなる『性別』の背景にある知識をどれだけ持っているかが、創作難易度に直結すると思われます。

今回の場合は、生物学と社会学に関する以下のような知識はある程度必要になるかと思われます。

有性生殖、無性生殖
繁殖戦略
性的二型
性決定
性転換
性同一性
Xジェンダー
フェミニズム

これに加えて社会の作られ方に対する理解も必要なので、結構しんどいと思います。