あなた自身がアセクシャルで、性別未分化ものの創作において『社会が崩壊するレベルで、制度などを考えるのが難しい。』という点について悩んでいるのであれば、いっそのこと血縁による家制度をベースとした社会システムをどうやって再構築するかということを物語のテーマに据えてしまったらどうでしょう。
　生物学的には性別が未分化の段階があるのだが、社会によってどちらかの性を"選ばされる"ことによって社会システムが維持されていた世界。しかし数十年前から男女の区別を拒否し、社会の要求に逆らって無性を選択する人間が現れ始め、その数は年々増加している。その結果としての急激な少子化、結婚により家族を持てない無性者の第１世代が高齢化したことによる身寄りのない無性老人の大量出現。そんな中、税負担の比率などをめぐって無性者と有性者の社会的対立が激化……。
　この世界で無性者として幸福な人生をまっとうする道はあるのか。新しい持続的な社会のあり方とは……！　みたいな話。主人公は保守的な田舎に生まれ育ったが、性別選択を拒否したため親に勘当され、都会で無性者向けのファッション誌のライターとして働き糊口をしのいでいる（無性者にはメンズやレディースと異なる独自のファッション文化があり、専門店や専門誌が存在している）。はじめのうちは周囲に無性者が多い環境に安らぎと親しみを感じていた主人公だが、次第に同僚たちは有性者に憎悪を燃やすばかりで具体的に自分たちの老後や次世代の育成について考えず、刹那的に生きているだけなのではないかという疑念を持ち始める。やがて耐えられなくなって同僚と衝突し、職場をやめた主人公は、無性者が社会の一員として持続的に生きていくための互助を目的とした組織を立ち上げ、無性者の共同体づくりに取り掛かり始める……。
　……みたいな。ちょっとこれだと構想が壮大すぎますかね。ディストピア寄りのポストヒューマンSFっぽい。以前アセクシャルの方に話を伺った機会があるのですが、その方も性的少数者の家族のありかたについていろいろ考えていたのでそこからの着想です。

　まあいずれにしても性別をめぐるテーマで恋愛を扱わないとなったら、次に考えるのは親子と家庭の話じゃないでしょうか。性別未分化はかならずしも社会制度に組み込まなくてもよくて、それのせいで社会問題が発生しているみたいな描き方でもいいんじゃないかと思う。社会問題があるなら、たとえば過激派がテロを計画していてそれを阻止するであるとか、世間の偏見やいじめから自分や仲間を守るであるとか、そういう方向でエンターテイメント的な展開をつくることもできる。そのなかで男／女のふりをして敵をやりすごさなければいけない場面などを作れば、漫画でなくとも性別が未分化な人間の容姿を自然に表現することができそうに思います。
　珍しい設定ゆえの難しさはあるでしょうが、一方でそれゆえに競合作品の少ないブルーオーシャンかもしれない、と思いました。少なくとも書けないことは絶対にないと思います。