著作権の話ならば、アイデアやコンセプトの模倣は基本的に問題ない一方で、引用規定を満たさない表現の流用はアウトなので、女神転生における設定上の発想自体は使っても問題ないが、『悪魔召喚プログラム』『覚醒』『マグネタイト』などの用語を（出典を示すことなく）流用すると、これは黒に近いグレーになってくる、という感じではないでしょうか。
　ただ、いくら法的に大丈夫でも、あまりにも作風にオリジナリティがない場合は、読者の印象として"先行作品の劣化コピーじゃね？"となってしまいやすいのは間違いないので、少なくとも『「女神転生シリーズのあれか」とバレバレ』にはならない程度に調整したほうが無難かもしれません。まあでも、読んでみないことにはわからないとしても、作者が感じる"元ネタ分かっちゃうのでは？"という心配はたいてい杞憂で、多くの読者はそこまで作り手の思考をトレースしたりしないので、あまりナーバスになることもないのかなと思います。