あなたがそういう設定で書きたいというだけの話であれば良いと思うのですが、論考としてはだめだめですね。全体を通して仮定に仮定を重ねているだけです。
＞異世界の温度が地球と同じである、酸素がある、物語によっては月が２つあるのに異世界が安定しているなどの点から異世界は一種のパラレルワールドであると考えられます。
『一種のパラレルワールドであると考え』なくてもいいですよね。大気組成や気候が地球とよく似ているのはただの偶然かもしれない（そうじゃない異世界に転移した人間は転移後即死亡しているので物語として語られないだけとか）し、前提をひっくり返すなら、実は異世界は温度も違えば酸素もないのだが、地球からの転移者は何らかの魔法的な加護によって守られているため普通に生活できるだけってこともありうる。理屈はいくらでもくっつけられるので、パラレルワールドっていうのはそこまで蓋然性の高い仮説ではないですね。そうとも考えられる、っていう程度のように思います。
＞大半のものは魔法を使うための物質が存在することが分かります。一般的に言う魔素やマナです。このことから異世界には酸素や水素のように魔素という物質が形成されているおかげで魔法が使えるようになったと考えられます。
これは話が循環しています。『魔法を使うための物質が存在する』ことを前提とするなら『魔素という物質が形成されているおかげで魔法が使えるようになった』っていうのは当然っていうか同じこと言ってるだけですよね。
ちなみに魔素を仮定しなくても、たとえば神様的なものが人間の願いを聞き入れた結果として魔法が発動するなどの設定にすれば、魔法が出てくるファンタジーは普通に成立するかと思います。
＞私はこの方法は頭で描いているものを具現化していることから術者の思考を読み取る存在が存在し、それらが魔法を行使していると考えます。
Q:林檎が木から落ちるのは、なぜか？
A:林檎に落ちたいという意思があって、林檎の思考を何らかの存在が読み取って地面に引っ張るからだ。
……まあたしかにそうとも考えられますが、いちおう現代科学では万有引力という物理法則があって、林檎は木から離れれば勝手に落ちるものだということになっています。
ならば魔法も同様に、特定の思考や音声、文様に対応して発生する（地球人にとって未知の、おそらくは異世界に特有の）物理現象があるだけとは考えられないでしょうか。つまり地球人がレンズで太陽の光を集めて火をおこすのと同じように、異世界人は火の魔法陣を描いて火の呪文を唱えながら強く念じることで火をおこしているだけのことで、火起こしの手順が違うのは、地球と異世界では物理法則が異なっているから、もしくは異世界流の火おこし法を地球人が誰も知らないから、という可能性です。
妖精媒介説も物理現象説もどちらが正しいということではなく、可能性の話をするならどちらにも等しく可能性があります。自分が異世界の科学者だったら、妖精を部屋から追い出した状態で魔法を使えるかどうか検証すると思います。これでそれまで使えていた魔法が発動しなくなったら、魔法の発動にはどうやら妖精が必要らしいと推測できるでしょう。
べつに『①と②は同義』という設定にしたいならそれはそれでいいのだけれど、それは結局作者の好みの問題でしかなくて、そこに必然性はないよ、という話。
＞私は④と同じ理由で異世界で独自に発展した肝臓と腎臓の機能が合わさったような栄養を吸収し、体外へ放出する器官が存在するからと考えました。
これも仮説ですね。魔素なるものがあるとして、それはもしかしたら普通に胃で消化したり肺で吸収できたりするのかもしれないし、必要になれば汗腺から汗と一緒に出てくるのかもしれない。あるいは魔法がある世界観が前提になっているのだから、魔素を身体にとどめているのも物理的な器官ではなく魔法による力だっていいわけですよね。魔法は必ずしも物体に作用する必要はなくて、魔素の流れそのものを制御する魔法があるのかもしれない。まあ、想像するだけなら何とでも言えます。
＞魔素というものは放射性物質みたいなもので血液に反応して物質化し、体内を流れまた体外に出た瞬間空気中に存在するなんらかの物質（窒素や酸素など）と反応し物質化し皮膚が感知してるのではと考えました。
あなたの仮定では魔素はそもそも物質なので、血液や空気と反応しようがしまいが肌で感知できるかどうかとは関係ないのでは？
まあこれも、触覚に限らず視覚、聴覚、嗅覚、味覚、第六感、レーダー的な外部機器、何で感知してもいいと思います。そこは設定次第でしょう。空気中の魔素の濃度が高まると舌に甘みを感じるとか、そういう設定もまた面白いのではと思いました。
＞また体内に存在すると思われる魔素を使って魔法を行使していることから、魔素は思考を感知している存在であると考えました。
前述の『林檎が木から落ちるのは、なぜか？』のくだりと同様の理由により、これも仮説としては根拠が薄弱です。そうかもしれないけど、そうじゃないかもしれない。設定次第でどちらにもなるし、どっちのほうが正しいとか説得力があるとか一概に言える話ではないです。
＞先に述べたように妖精という存在は地球に当てはまるものがないので異世界で独自にある魔素が進化して生物化したものと考えてみました。
古代の大魔法使いとかが魔素から人為的に作り出したのかもしれないし、じつは地球にもいるけれど存在が知られていないだけかも知れない。地球にいるなんらかの存在が異世界で魔素を帯びると妖精になるのかもしれないし、妖精は進化も世代交代もせず、原初の時代からずっと同じものとして存在し続けているのかもしれない。
＞魔素の誕生や何故妖精が生物の思考を読み取れるのかは上手い具合に思いつかなかった
＞魔法の発動内容については例えば、土魔法火魔法のように妖精が自然になんらかの作用を及ぼしているとしか考えられませんでした。
これについては正直"そりゃそうなるだろうな"と思いました。
なぜかというと、あなたは「異世界人はなぜ魔法を使えるのか」という問いに対して、通常の物理現象と魔法による力を媒介する『魔素』と、人間の思考と魔法を媒介する『妖精』のふたつを仮定することで説明しようとしたからです。しかしそうすると今度は、魔素はなぜ魔法を起こすことができるのか、妖精はなぜ魔法を使えるのか、という問いが発生してしまいます。
これでは問題が先送りになっただけです。ここでまた「物質や思考と現象を媒介する存在が別にあるのかもしれない」という当初の仮定を反復してつかうと、魔素と魔法を媒介する"魔素の魔素"や、妖精の思考を読み取って魔法を発動させる"妖精の妖精"が存在しているということになりそうです。しかしこの論法を繰り返しても、魔素の魔素の……、妖精の妖精の……、と概念が無限後退していくだけで、本質的な説明にはどこまで行ってもたどり着きません。
ていうか理由の説明にはどうしても限界があるんですね。理由→理由の理由→理由の理由の理由……と無限に掘り下げていくことができるから。どこかで「それはそういうものだからだ」という地盤を用意しないと、どこまで理由を問い続けても全体が宙に浮いてしまうのです。
そして『「それはそういうものだからだ」という地盤』を用意するっていうことは、あなたが言うところの『「異世界だから」や「神のおかげ」と言ってしま』うことと本質的には一緒です。設定の物量をどれだけ作ったか、という程度問題でしかないでしょう。設定がスカスカすぎるファンタジーは物足りないっていう好みの話としてならよく分かりますが、異世界の環境を『当たり前の事象として扱ってはならない』ってことはないし、当たり前の事象じゃなかったとしてじゃあ何なんだと言ったときに"正解"は作者の数だけあって、たったひとつの真実というものはないということ。
＞皆さんの魔法の考え方について教えていただけたら幸いです。
全体を読んで、あなたは個別作品を超えたあらゆる魔法もの作品の"グランド設定"を探ろうとしているのかなとふと思いました。でも多分そんなものはないです。たとえばハリーポッターに出てくる魔法と、指輪物語に出てくる魔法では、同じ『魔法』という言葉が使われていても内実が全く違います。漠然と、ふつうの物理法則ではない現象を魔法と呼んではいるけれど、その"魔法とよばれるもの"が具体的に何なのかは作品によってまちまちで、特段の共通設定はないといえるでしょう。