そもそも悪役にはキャラとしてのアドバンテージがあります。モラルに制約されず自由奔放に行動させることができるため、個性的に描きやすいんですね。
そういう悪役や脇役の存在は作品のウリになると思いますが、そこがうまく行けば行くほど主人公がかすんでしまいがちです。

ただ、主人公には他のキャラにはない特権が一つだけ与えられています。

◎なぜ死なないか教えてやろう。主役だからだ。

これです。いわゆる主人公補正というやつ。
例えば「この戦いが終わったら～しよう」というセリフは、主人公以外のキャラが言うともれなく死亡フラグになってしまいますが、主人公が口にした場合のみ頼もしいセリフになるんですね。
もちろん匙加減を間違えるとご都合主義になってしまうのでしょうが、読者には「主人公はきっと何かやってくれる」という期待感があるものなので、その期待を満足させてくれるノリにはわりと寛容なんだろうと思います。

・他のキャラが意気消沈している時に場の空気を変える。
・多少だらしないところがあっても、絶対にゆるせないと思わせる行為はしない。
・一人で決断する。
・いざという局面では必ず立ち上がる。
・最後には主人公の行動が解決への道をひらく。

こんなところをいくつか見せておけば、主人公らしいと感じてもらえるんじゃないかと思います。