おそらくクローバー様は、ストーリーの中にキャラを記号として配置しているのではないかと。
これは全くの間違いで、「キャラクターがストーリーを動かしていく」のです。
ストーリーの中で、キャラの感情、過去、人間関係を無数に絡めさせ、キャラを人間らしくしなくてはいけません。

たとえば、迷子になっている子を見かけた時、どんな行動をするのか。困っている時、誰に頼るのか、もしくは誰にも頼らないのか。

こういったものは、キャラによって全く違います。
様々な場面に合わせて、キャラがどういった行動をとるのか、何を思うのか、といった事をよく考えなければなりません。

キャラが作者と会話できるくらいまで人間らしくできたら、完璧でしょうね。
キャラと会話している様子を想像するのも、いい練習法です。

キャラを人間らしくする事ができたら、そのキャラ達の意志をベースに、ストーリーを展開していきましょう。
とはいえ、ストーリーを無理矢理キャラに合わせる必要はありません。キャラもストーリーに合わせて調整が必要です。

といったように、キャラの魅力を磨き、それを活かしていく事が必要ではないかと。
ただ、これらの事を行うには、キャラの魅力が何なのかというのを理解しなくてはなりません。
やはり、他の作品のキャラを観察するのが一番でしょう。
SAOやリゼロなどは、キャラの感情が非常に強く伝わり、それがキャラの魅力になっています。他にも参考にできる作品は色々ありますが、個人的にはこの二作品がお薦めです。
慣れると随分楽になるので、他作品から学び、人間らしさを理解し、キャラを深く書いていくのが一番かと。