主要キャラの一人が既存作と類似しているだけなら、それほど心配する必要はないと思います。ただし類似点が複数ある場合は、評価という点ではちょっと不利かもしれませんね。

懸念されているサブヒロインは、御坂美琴と性格と能力の二つが似ているわけですね。しかも、既存作の方は『このライトノベルがすごい！』の人気投票ヒロイン部門で１位にランクインするほどの人気キャラ。能力は「ビリビリ」という愛称を持つほど印象的。
……これはさすがに想起されてしまうのは確実と言えるレベルです。

＞少しというか、結構似ているのですけど大丈夫ですかね？

大丈夫かというのは、どういう意味ですか？
単に読者が御坂美琴を思い出すかどうかということなら100％思い出すでしょう。でもパクリ認定まで行くかどうかという心配なら、まあ、これだけならそこまでは行かないかなと。個人的にはそんなところかなと思います。
気になるのは質問者様が「とある」シリーズの影響を受けすぎている感じがすることです。
ハンドルネームはアクセラレータと読むのですか？　漢字にカタカナでルビをふったりしていませんか？
もしそういう感じになっているとしたら、「この書き手はとある以外の小説をあまり読んだことがないのか？」という印象は持たれてしまう可能性があります。そういう評価を払拭したいなら、世界観や表現などキャラとは別の部分に既存作とはっきり色の違う要素を入れられないか検討してみてください。そちらの印象が強くて魅力的なら、部分的に既存作と似通っているぐらいはさほどマイナスにならないのではないかと思います。