＞主人公に欠点が無いと感情移入できないというのも事実です。

必ずしもそんなことはないと思いますよ。主人公をハイスペックにしたいなら、それはそれでありでしょう。
そもそも能力が高いというのは他の人間と比較しての相対的なことですから、どんなに優れた人間でも困難に直面する場面はありえます。ストーリーを面白くする基本は主人公に目的を阻む障害を与えることだと思うんですね。愛嬌のある欠点は親しみやすさの演出には有効だと思いますが、むしろ毅然としたヒーローっぽさを演出したいという場合もあるでしょうからそのへんは作者の意図次第です。
また障害を作る方法として主人公の欠点を利用する手もあるでしょうが、それがすべてということもありません。障害は外的な状況によっても作れますから。例えばバトル物ならより強い敵を登場させるとか、主人公の能力に何らかの制約を与えるなどの方法があります。あるいはヒロインなど主人公にとって大切な人の命が危ういような状況をつくり、その人を救う手段にタイムリミットを設けるなど。ハイスペックな主人公でも解決に苦しむような筋立てはいくらでも考えられますし、それを乗り越えようとして苦闘する姿に読者は共感すると思います。
構想されているストーリーが日常系の場合はバトル物ほど緊迫した状況は作りにくいでしょうが、そういう平和な舞台なりの困難な課題は考えられると思います。例えば根は悪くないのに誤解されている問題児をクラスにとけこませるとか、そんなことでもストーリーは成立しますから。