見てきました。いけると思いますよ。物語に重要なのは主人公の生死ではなく「何を成し遂げたか」だと思っているクチですので。

強いて死にオチを避けるとすれば、行方不明オチですかね。ウテナしかり、シュガシュガルーンしかり、残ったほうが消えたほうの意志を引き継ぐ。ベストエンドではないけれども、希望のあるエンドってことで。

あとは、例えば「異次元に飛ばされたかもしれない」で、戻ってきた主人公が、しばらくしてこちらの世界で普通の住民として暮らしている彼女を見つけてそれで本当のエンディング、とか。ただこっちのほうがベタになりそうな気がしているので、今の案でもいいと思いますよ。