主人公が決まらない場合、設定や世界観よりも
＞私が表現したいテーマがなくなってしまいます。
こっちのほうが大事です。
主人公はある意味テーマの代弁者なので、それが伝わってこないと案の出しようもないかなと。
ラスボスを作ってて楽しいのなら、そのラスボスを主役に据えてしまえば良いだけで、有名所ではオーバーロードなどがありますが、ヒーローと悪役の立場を逆転させて悪役を主人公にする物語としても良いでしょう。
しかし、それではおそらくテーマが変わってしまうので、受け入れがたい提案であろうと思う。
だったらそのテーマは何なのよ。という事ですね。

テーマを変えずに悪役を主役に出来る案があればそれが良いだろうし、想定してる学生の男主人公をサブキャラに格下げしてヒロインを主役にしても良いだろうし、予定通りに主人公を作っても良いでしょう。
ざっと考えられる選択はこの３つかなと思います。

「悪役を主人公に」はテーマから展開からガラッと変わる可能性が高く、そもそも「悪役を倒して終わり」という物語のその悪役が主役になったら「悪役を倒す」という話が使いにくいので別の話を新たに作ることになって、話自体が変わってしまう。
「ヒロインを主役に」と「予定通り主人公を作る」は、おそらくどっちも大差ないと思う。
というのも、主人公が想定できない以上、いま現在考えてるのは「主人公の物語」ではないからです。ここに上手いこと男主人公を加えてヒロインと行動させても内容はヒロインを語る内容になりがちなので、そりゃ「ヒロインの物語」でしょう。
書き始めたらそれはそれで「主人公が空気になってしまう」という悩みが生まれると思う。理由は前述した通り「主人公の物語」をやってないからで、考えてみりゃそうなるのは当然かなと。

男主人公を加えるのであれば、この場合は現在考えてる設定を全て忘れてゼロから「主人公の話」を考えたのち、設定に合わせて整形していくのが適切かなと思う。
作ったサブキャラに合わせて作るのも良いしそうした方法もアリだけど、その場合はサブキャラありきの主人公になるので、主人公の役割が本質的にサブキャラの引き立て役になります。
このあたりもテーマ（何を書きたいのか）を知らないとどっちの方法が良いとは言えないけど、基本として主人公の話を書くと考えれば前者、ゼロから作る、が適切だと思う。

それが思いつかないのだとすれば、そもそも書こうとしてる物語の選択を間違えてるのではないかと思う。
ラスボスを考えてて楽しいのであれば、やはりラスボスを主軸とした物語のほうが思いつきやすい感性を持っているという事でしょうから、現在想定してるテーマや物語を変更してでもラスボスを主人公にしたほうが良いと思う。

その上で両方を可能にする妙案は、まあ、かなりヒネてると思うけど、ラスボスが何らかの事情を持って学園に入ることになり（変身か分身か）、主人公は正体を隠しながらヒロインと出会ってヒロインと共に自分が自分を倒すために行動することになる、という流れなら、ラスボスが主人公でありながらヒロインと共に行動する学生主人公でもある形に持っていけます。
いわゆる「夜は闇の実力者・昼は普通の学生」というパターンですね。
学生である主人公像は設定的にも「架空のもの」なので、割と適当にどうとでもなると思う。