繰り返しますが、長所も欠点も相対的なこと。
人が近づくことがめったにないような場所で深い井戸に落ちたら、脱出することができなくて死んでしまうことも有り得ます。鳥であればなんなく飛び出していけますから、翼が無いのはすべての人間の持つ欠点です。このように読者と共通する欠点をキャラに持たせることは実は簡単なのです。「欠点」という言葉にとらわれず、人間の限界と考えれば分かりやすいでしょうか?
読者と似ているキャラは感情移入されやすいというのは、おそらく真実です。しかしそれは何も読者とキャラにコンプレックスを共有させるということではないんですね。似ているということは同じような状況に直面する可能性が高いことを意味するため、直面する状況を理解しやすい。それだけのことです。