読者の目の届かないところで何を行動し、何を考えているのか？
というのはつまり、ストーリーの始まり時点、あるいは過去でのキャラの特徴という事ですね。

私だったら、ストーリーの始まりと終わりで落差を付けたいので、例えば最後に幸せになる話だったら、不幸、あるいはイマイチな人生を送ってた事にします。

例を出すと、少年と少女が出会って幸せになる話だったら、最初は女遊びが激しいとか、逆に女と話した事もないドウテイという設定にして、幸せと対照的な人物像にします。

少年が勇気を出して敵を倒す話なら、逆に始まり時点では勇気を出せそうもない小心者とかニートとか、クラスでも目立たない地味な人物像、あるいは普通の人にします。

女遊びが激しい人が何考えてるかわからないとか、イメージはあるけど深みを持たせたい場合は、人生経験を積むとかイメージの人にリアルで出会って話をするのが一番かもしれないですが、最悪ググります。
浮気男の行動パターン10とか、それらしい記事をリサーチします。

他には、いっそ自分の理想や萌えを押し付けて、草食系萌えだからこのキャラは草食系にしよう、じゃあ合コンとか行かないな、じゃあ家で読書ばっかりしてるかもしれないな、猫を飼ってる設定にしよう、むしろ猫命かもしれないな、とか自分が書く時の楽しさ優先で自由に発想するパターンもありだと思います。

それを発展させて、主人公は草食系男子だから、ヒロインは肉食系のライオンみたいな人物像にしようとか、カップリングで性格を決めたりもありだと思います。

理詰めで思いつかない場合は読書量が少ないか人生経験が少ないという事だと思うので、普段からもっと人間観察するしかないかもしれません。

とっさに思いついたのはこんな感じです。