>キャラの行動が綺麗につながると「このストーリーはこうなっている。だからこうしてつながるし、伏線が活きるのか！」としか感じられないのです。

この感覚は、正しいと思います。
キャラクターの行動によって、ストーリーが動く。このシステムが活きている作品だからこそ、そう感じたのでしょう。

>「活きたキャラ」と「操り人形となっているキャラ」の区別がつきません。

おそらく、キャラクターがストーリーの中で活きているか否かの差です。
キャラクター単体を人間らしくしようとしても、それがストーリーの中で「人間らしい活躍」をする事に繋がるとは限りません。
キャラクター個人の魅力を見出しても満足せず、そこからあらゆる展開を繰り広げていく方法をお考えになって下さい。
いくら魅力的なキャラでも、ストーリーとの関わり方によって、それが活かされるかどうかに大きな差があります。
例えば、人気作に登場する魅力的なキャラクターがいて、それが別の作品に登場したとしましょう。その場合、大抵は魅力が低下します。
これは、キャラクターとストーリーが繋がっていないからです。
それらが別々になっている、キャラクターがストーリーに乗っかかっている、といった状態ですので、それこそキャラが記号になっています。真の意味でキャラクターを人間らしくするには、キャラクターとストーリーを一緒に見て下さい。

最初に述べたよう、キャラクターがストーリーを動かしていくといった流れはとても重要です。
キャラクターがストーリーの中に存在していることを意識して、それぞれのキャラクターにしかできないような展開を作っていく必要があります。
一度、キャラクターとストーリーがうまく関われているか、確認してみて下さい。