思いついたのはこれぐらいです。
・怪我や病気など体調面でハンデを与え全力を出させない
・トラウマやこだわりなど心理的要因により不利にする
・能力に使用制限がある
・強いけど完全にはコントロールできない能力

主人公の欠点というか、外的要因や事情から全力をふるえない状況に主人公を置く、という手もあります。
・人質を取られている
・敵に無視できない社会的地位がある
・時間制限があって急いでるので普段どおりいかない
・正体がバレると困るのでまだ全力が出せない
・頼れる味方が不在で孤立
・相手が対主人公に特化した特殊能力の持ち主
・全力を出すと周囲に危険が及ぶので自粛

これらで古今東西のパターンをだいたい網羅できるのではないかと思います。