はじめに。
私個人は暗い話しも大好きです。
そもそもエンタメ小説の中には数多くの傑作がありますし、文学に関しては暗い話しの方が多いのではないでしょうか。決して悪いことではありません。

ただ、やるなら徹底的に。
どん底の鬱物語ってのは、それはそれで非日常ですから、フィクションとして一定の需要はあります。

>ここから少しでも明るくするにはどうすればいいのでしょうか？

危惧するのはコレですね。
中途半端に暗いってのは、よろしくありません。
それは単なる暗い話し。
暗い話しを読みたい時というのは、徹底的に暗い話しを求めるものです。
やるならば鬱になるような作品を。

>彼自身の性格も明るいとは言いがたいので、

おそらく最大の問題点はコレだと思います。
主人公ってのは、我々現実にいる読者とフィクションを繋ぐ大切な橋渡しの役目を担います。ありていには感情移入の対象ですね。
特に視点人物だったり、さらには一人称で書こうとされているなら、読者は余計に引っ張られます。

仮に設定が明るい話し、身の回りに可愛い女の子がイッパイいて～というようなラノベチックまっしぐらな物語であっても、主人公が自身のことを『ゴミ以下』と認識し、自身を卑下し、他人を羨み、出自を嘆きながら行動しているならば読者にとって暗い話しに感じられてしまいます。（これを逆手にとって『全ての出来事をネガティブに捉える主人公』をブラックコメディとして成立させたのが【久米田康治著：さよなら絶望先生】ですね）

>冒頭、目の前で幼馴染が拐われる。取り戻そうと抵抗するが全く歯が立たずに撃沈。

大変な状況です。
でも、それは燃える要素にも化けますよね。
どういうことかと申しますと【https://www.youtube.com/watch?v=b3i-QYVIVrs】手っ取り早くコレがそのままズバリです。（闘神都市３というゲームです。歌詞と映像で未プレイでも想像できるはず。モロネタバレなんでご注意を）『兵士に追い払われた門の前に、いく年か後、力を付け幼なじみを助けに戻ってくると以前からの知り合いが待っていたり、笑顔で迎えてくれる』そりゃ燃えるでしょ、って話し。
一例としてあげました。御作の状況もそれなりに解りますが、見せ方とやり方に工夫の余地はありませんでしょうか。

>「奇病が蔓延した世界」という設定なんですが、主人公もその病気。発症から数年経っており、死の一歩手前。

こりゃまた大変な状況です。
でもですね、『辛いなら、それを笑い飛ばすべきだ（よ）』と両親なり、世話になった人なりに聞かされて育った人物ならどうでしょう。
別にそういう人物を登場させる必要はありません。そうなんだ、と読者に納得させれば、それが説得力になります。

現実だって、そうじゃないでしょうか。
自身の身に起きた不幸を陰々滅々と暗く語っている人には、誰しもがあまり近寄りたくないものです。
不幸な出来事を不幸に語るのは当たり前。
そうじゃなく、暗くなってしまうような状況でも、それを撥ね付けるたくましさがある人物に惹かれるものです。
フィクションには当たり前をやるべき所と、当たり前をやっちゃダメな所があります。

>身分がゴミ以下。事がある度に悪者扱いは当たり前、有力者の前ではまともに発言すら出来ない。

これで主人公が暗い性格ってのは、下手すれば『ゴミ以下の境遇を許容している・諦めている』ようにも見えてしまいます。
身分、ってことは主人公には非はありませんよね？
そんなことに負けない主人公の方が魅力的じゃないでしょうか。

暗い設定は暗く語らねばならない、なんてルールはありません。
『誰でも暗くなって当たり前だろう』そういう状況でも希望を捨てず、自身の不遇も笑い飛ばし、明日の命が危うくとも懸命に生きる主人公ってのは魅力だと思いますよ。

プロテスタントの宗教改革者のマルティン・ルターに、素晴らしい名言がありますよね。
『たとえ明日、世界が滅亡しようとも今日私はリンゴの木を植える』
義務教育教科書のおさらいみたいになりますが一応。
決してスッゲぇリンゴが大好きなオッサンではありません。リンゴ＝キリスト教にとっては禁断の果実。魔女狩りをやっていた頃のカトリックですから、その力は絶大であり絶対。巨大な権力にキッパリと『おかしいことはおかしいんじゃぁ！』とやったオッサンです。

長々と書きましたが、
『極端な鬱作品として尖ってみる』
『少しでも明るくする』
いずれにせよ、ワシヲさんがどのような物語を書きたいか、読者にどう感じて欲しいかの選択だと思います。

私個人としては『どっちも面白ければ大歓迎！』
ではでは執筆頑張って下さい。
応援いたします。