ストーリーについてはサタンさんの回答が参考になると思います。
それとは別にあくまでも個人的な意見として、主人公の強さを描くには敵もまた強くなくてはならないと思います。例えばドラゴンを一撃で倒したとして、主人公を最強とするにはドラゴンが強いものだという描写が必要です。敵の強さをト書きに「一個師団に勝る」と書くだけでは不十分でしょう。悪党を描くなら実際に悪事を働いているところを、強者を描くなら強者の強者たる描写(悪のカリスマ)が必要になってきます。
主人公の無双描写にしても敵を弱くしすぎると爽快感よりも作業感のほうが強くなる恐れがあります。手下の雑魚を蹴散らすときはともかくボス級の敵まで同じように描いてしまうのはよろしくないでしょう。