以下は、私がこういう題材で物語をつくるとしたら、という考え方になります。むろん考え方を押し付けるつもりはありませんから、気楽に参考にしていただければと思います。

まず、魂の救済について。
結論から先に言うと、素直に前面に出すのがよいと思います。
おそらくみりんさんの案では、

◎主人公が他人の魂を救済することが目的で殺してしまう。

ということではなく、

◎何らかの理由で誰かを倒さなければならず（おそらく相手は広い意味での悪役ポジション。もっと深読みすれば、闇堕ちしてしまった主人公にとって大切な人とかかな？）、心ならずも倒してしまった魂をせめて救済するために星に変える。

ということなのだろうと想像します。
前者は独善的で印象が悪いですが、後者には優しいさと包容力を感じます。納得しない人がいるとしたら「甘さ」や「やや偽善的」というところでしょうが、そのへんは物語の描き方しだい。基本、王道ですからよいと思います。

次。
何度も問題にしている「星とは何か？」ということについて。

＞主人公の女の子（16歳JK）の頭にうさ耳を……。

うさ耳よりも16歳JKの方が重要なポイント。つまり異世界系のハイ・ファンタジーではなく、現代日本を舞台にしたストーリーということになります。
ならば登場人物たちは星とは恒星であることを知っているはずなので、星をメルヘン的にあつかう魔法とは相性が悪いんじゃないでしょうか？　現代社会に魔法やうさ耳があるという設定なら今の読者はなれているから大丈夫だと思いますが、星という現実に存在するものの扱いには制約がかかるんじゃないかと。
おそらく描き方のさじ加減で何とかなることだとは思いますが、ストーリーを考えるにあたって世界観と内容をどうマッチさせるかは慎重に考慮しておく必要があると思います。

魔法少女ものということで、『まどマギ』と『プリキュア』が参考になる気がします。
『まどマギ』はとことんシビアにやったらどうなるかという例として。
『プリキュア』は魔法少女とはちょっと違うと思っていますが、ファンタジー要素をライトに取り入れるのがうまいのと、悪役に対する優しさがあることからです。