あくまで私のやり方なので、参考になるかどうかわかりませんが。

ある程度プロットが固まるまでは、緩い設定で進めます。ストーリーの根幹を成すものや、テーマに関わること以外は、基本マクガフィンですから、展開次第では固持せずどんどん入れ替えます。
ただ、設定が固まっていないとキャラが動かなかったり、ストーリーが進まなかったりといった事態に陥ることもあります。だからといって、固めすぎると後で変更するのが大変だったり、場合によっては一から練り直し、なんてことになるので、そこが悩ましいですね。

ストーリーの全体像が見えてきたら、細かい部分を修正しながら設定を固めていきます。裏設定を作るのは、この段階に入ってからですかね。キャラの動機付けのために生い立ちを考えたり、整合性を整えるために原理がどうだとか、法律がどうとか。
ここで破綻に気づいたりすると、大変なことになります。小さいものなら思い切って無視することもあります。無視できない範囲だと、面白さを優先するか、整合性と優先するか、もっとも頭を悩ますところですね。

3の「ジャンプマンガのごとく～」というのがよくわからないのですが、連載マンガの場合、ひとつのストーリーが終了しても続きを描かなければなりません。その結果、矛盾が出てしまうということではないでしょうか。
最初の物語を作る段階では、矛盾が出てもいいとは考えてないと思いますよ。