異世界の物語ではなくて実在の日本が舞台となると、現代科学との整合性が問題になるんですが、その辺りはどう解決するおつもりですか？

どうやらSFの知識がないとのことなので、私だったらこうする。という提案をさせて頂きます。

プロローグで、高校の特別授業という形で天体観測のシーンから始めます。
肉眼で見える星の数がいくつだとか、あの星雲はまさに星が生まれる瞬間だとか、銀河系の中心はブラックホールだとか、極めて科学的なアプローチで星空を語ります。
男子生徒（主人公のボーイフレンドとか）が、宇宙科学は男のロマンだから「女にはわかんないよな」なんていって、見下した態度をとります。
それに対し、主人公の女子高生よる語りが入り、プロローグを終えます（一人称、三人称どちらでも可）。
──みんなの目に映る夜空はすべて見せかけの姿でしかなく…。人々はこの世に生まれ、生涯を過ごし、そして死んでいく。そのあとは天に召され輝きをもって地平を照らす。それこそが星々の海なのだ。それこそが、真実なのである──

もっと説得力のある文章にする必要はありますが、とにかく初っ端でぶちかまし、物理法則とは物語を切り離します。
これで科学的根拠を示さなくて成立しますが、実際の現象との整合性は求められますので、現代科学はしっかり勉強して裏設定を作り上げておかないと破綻しますよ。

どうでしょうか。お気に召したならば、是非とも採用してください。