最後にひょっこり出てくるというのもわりと目にする手ではあるので、どちらでも作者様のお好きなようにとしか言いようがないですが。
ラストで相棒の遺品を使わせるという流れに沿うなら、そのまま死なせておいた方がいいとは思います。それを前提にした演出なのだから、ちぐはぐなことはしない方がいいでしょう。
実は生きていましたというのはどちらかと言うとコメディっぽい手なので、最初からそういうノリを許容する風味の作品になっているかどうかは見極める必要があると思います。