＞月兎族という神の末裔の一族がいて
ほんならなおのこと月面から攻撃すりゃええやん、という話になってしまうかと。
なので、その方向で作戦を立案するけど、ちょうどそのタイミングで「月が地球の裏側にいるときに隕石が来る」ということがわかって、艦隊に頼らざるを得なくなる。とか。
要するに「それ以外に方法がない状況」を作ってしまえば良いだけですよ。
アルマゲドンのほうが現実的とは書いたけど、敵が邪魔して隕石まで辿り着けそうもないとか、どうにでも出来るんで。

それで、
＞それを砕くにはどんな規模・機能をもった宇宙船を設定すれば良いのか
そもそも「宇宙戦艦がある世界観」なので、別に現代兵器の基準で考える必要もないでしょう。
ガンダムで言えばミノフスキー粒子なんていう「人形兵器が戦うために用意された架空の物質」を作ってるわけで、隕石を破壊しうる架空の兵器があればそれで事足りる。
ご都合設定と思うかもしれないけど、現実にあるミサイルやらレールガンやらを持ち出して隕石を破壊するよりも架空兵器を出したほうがよっぽど現実的。
「機動戦艦ナデシコ」ではグラビティブラストて主砲があったね。
相転移エンジンから得られるエネルギーで重力波を放つという兵器だけども。
冥府を司る一族なら、真空エネルギーを取り出すゼロポイントエンジンとかあっても良さそう。SFちっくになるけど。
エネルギーさえ確保できりゃ、「そのエネルギーを利用した超すごい主砲があるんです」ってのはぜんぜんOK。
その主砲を積んだ艦隊の一斉掃射で片付けてもいいし、それを見越して敵は対策していてピンチになって主人公が活躍するってのも良いと思う。
架空兵器なら、「船ごと突っ込んでエンジンを暴走させる！」なんて神風展開も可能でしょう。

このあたりは、その戦艦の話でもなければ乗組員が主人公でもないので、適当で問題ないと思いますよ。
要するに「隕石を砕く規模と機能の宇宙戦艦」なら良いわけでしょ。
どの程度の規模と機能なのか、ではなくて、「それが可能な設定を作ればいい」というだけの話です。
その気になれば恒星さえ吹っ飛ばす威力がある、とか書いておけばたかが隕石程度は問題にならないでしょう。
もちろん、問題なかったら物語的に面白くないので、そういう期待を持たせておいて敵が対策していて隕石を破壊しきれなかった、さてどうするか、って感じじゃないのかな。