正直、自分でもどこまで踏み込んで良いのか戸惑いがあります。小説作法の質問として真剣に答えるつもりですが、お気に障ることがあれば申し訳ありません。

>1.アスペルガーの作者がアスペルガーの 主人公を出していいのか？
また、アスペルガーの作者が、 実体験をもとにアスペルガー症候群を題材にしていいのか？

これに関しては特に問題ありませんが、その物語で主人公の意志を描写する時、注意する点が幾つかあります。
竹牟礼様の目標も考慮した上で言うと、「主人公に、読者が共感する要素を取り入れる」「アスペルガー症候群持ちの主人公ならではの意志を描写する」といったところでしょうか。

アスペルガー症候群持ちかどうかは関係なく、とにかく主人公は読者に肯定される存在でなければなりません。そして、竹牟礼様の「本気でかつて自分にも向けられた発達障害に対する差別や偏見を、他でもない自分のペンによってぶっ壊そうと思ってます」という意志を考えれば、尚更外せない要素です。

とはいえ、共感する要素というとあまりにも抽象的ですので、「読者の意志と主人公の意志を重ねる」と申しておきます。
ラノベ読者のような人は大抵、「美少女と出会いたい」「超能力を使ってみたい」「異世界に行ってみたい」などの欲求を持っています。その欲求を主人公が持っているなどすれば、主人公は読者にとって共感できる存在という事です。
「読者と同じ事を主人公が思ってる」というとわかりやすいかと。
ただ、そういった設定があるだけでは、読者は実感を持てません。
物語中に度々、そのような「共感できる意志」を見せると、効果は大きいです。

「アスペルガー症候群持ちの主人公ならではの意志を描写する」という事ですが、自分から言える事はあまり無いかもしれません。
アスペルガー症候群を持つあなたが感じてきた事を、物語の中に取り入れる、という辺りでしょうか。
設定を活かせる上、読者に伝わるものも大きいかもしれません。

>2. 「物語のテーマにぶち当たるまで話の筋を掴みながら場当たり的に書いていき出来上がったら推敲する」という書き方でも大丈夫なのか？

ラノベの作法というのは、必ずしも「一つのものが正解」という訳ではありません。
もちろん基本や傾向、前提などは数え切れない程存在し、それらは基本的に意識すべき事です。
しかし、最終的に作品を構成する方法となると、作者によって違ってくるでしょう。
あなたの師匠が仰る方法が、100%正解とも間違いとも言えません。
ですので、その方法を実戦するかどうかは、竹牟礼ご自身が決めるべきです。作品を書いていく中で試し、経験を積んでいくのも良いですし。
いっそ、方法を否定してしまうのもアリなんですよ。もちろん、自分なりの方法が見つかっている場合に限りますが。
とはいえ、その師匠の実力が確かなものなら、それを取り入れて損はないと思います。

今回の質問二つについては、最終的に竹牟礼様の意志が関わってくるでしょう。
アスペルガー症候群を持った主人公の気持ちは、竹牟礼様の経験を元にすればしっかりと描写できるはずです。
そして、作品のつくり方は千差満別である事を理解した上で、自分に合うものを見つけて下さい。つまりは、これにもまた経験が必要という事です。
あなたの師匠の仰る案は、一つの例です。しかし、覚えておけば必ずあなたの経験、そして力になるでしょう。
自分の意志を元に、様々な方法を見つけていって下さい。