あんまり自分の考えを押し付けるのもアレなんで最後にしておきますが、
＞台無しにしたくない、上手に書きたい……。
個人的にはこの思考が癌だと思ってます。
みりんさんはイラストは描くかな、絵を描くときも初心者にはコレがよくある。
「顔」は上手く描けた、これを台無しにしないようにしなきゃ、とか。ラフは上手くいった、細部を調節してより良くしよう、とか。
描かない人にはわからんと思うけど、例えば腕を組んでるポーズから両腕を上に上げてバンザイしてるポーズに変更するなら腕だけ書き直せばいいって話じゃないんだよね。肩の動きから変わるしなんなら重心もズレるから、上半身全部修正しないといけない。
でも、初心者は「せっかく上手くかけた部分」にこだわるので、それを消さずに腕だけ書き直して何か変な出来栄えになる。
「せっかく作れたんだから」という気持ちは割と足を引っ張ることが多いです。
だいたい、今回のプロットを形にするチャンスは一度キリ、なわけないっしょ？　なら別に一回で上手く書けなくてもいいじゃん？　失敗すれば粗はより一層正確に見えるようになるんだから、次はもっと上手く書けるよ。
でもやっぱ「せっかく書くんだから上手く書きたい」のは当然の欲求で、そこにこだわっちゃう。
漫画の例だけど、連載作品ってたまに「読切版」ってのがあったりするよね。連載前のプロトタイプみたいなの。ネーム自体いくつもあるし、ネームに起こさないプロット段階はもっとある。プロだって同じネタで何度も書いて試行錯誤するのに、初心者は一度で凄いのを書こうとするんですよ。

＞詳細として、恒星が地球にやってくるってどういうこと？　距離は？　速さは？　軌道は？　というところがわからない。
そうか。なるほど。
言ってしまえば「適当にでっち上げるスキル」か。
確かに私はそういうの気にしないからな……。気になる人には合わないか。
例えば、「恒星を引き寄せる？　何万光年離れてると思ってるんだ」と常識を言うキャラが入れとけば、「出来ないと思うのか。人智の及ばない領域だから神と呼ぶのだ。神の力を知るがいい！」となれば、別に現実的に距離とか速さとかどうでも良くなるじゃん？
なので、適当にその場ででっち上げれば問題ないので、あんま気にしてない部分ですね、確かに。ご都合に思えれば不自然にならない伏線を追加すればいいだけだしさ。
「ワームホールで隕石召喚っぽく」という案も、結局は「地球に流星群が飛来する」という結果を出せれば良いだけなので、現実的な方法として隕石が来る手段を考える必要はないんですよね。
現実的に考えるなら、最初に「何百年に一度の獅子座流星群が観測できるタイミング」という伏線を序盤に張って、地球に流星群が近づいてると印象づけて終盤で「ヴィランが流星群の進行を地球に向ける」とかにするかな。

＞書き始めてから没になった作品の例
これは主旨は「主人公とヒーローのすれ違い」でしょ？　そのすれ違いを表現する具体的な内容として「虫をプレゼントする」というもの。
別に悪くないと思うけど、ネタが悪いんじゃなくて気になってるのは「虫をプレゼント」って部分だけなんだから、そこだけ変更すりゃよくね？　と思ってしまう。
詳細に考えた場合、「虫をプレゼント」を変更したら連鎖的にいろんな部分を変更しなきゃならなくなるけど、いま書かれた概要だけ見ると「虫」を別のものに変えればいいだけじゃん？
でなければ「すれ違い」の表現を「◯◯をプレゼント」以外のものにすりゃいいじゃん？　主人公が「嫌われたと勘違いする」という結果が得られれば何でもいいんだしさ。
いやまあ、おそらくそのくらいは思いついてたと思うし、そのうえでボツにしたのだと思うけども。

でも確かに
＞ストーリーの必然性や、面白いと思える根拠まで説明できるくらい
「その話の何が面白いのか」はちゃんと説明できたほうが良いと思います。
説明出来れば書くことがハッキリするので、それを書けば良いだけですから。
ただ、必然性は……確かに大事なんだけど、そんなこだわらないほうが良いと思う。
たぶんそれを考えてるから「隕石の距離は速度は」と気になるんだろうし、そもそも必然的な事を書くよりも実現不可能なことをやってのける展開を書いたほうが面白いでしょ？
ストーリーの必然性は確かに大事だけど、例えば今回のプロットは話を聞く限りだと（おそらくサブプロットのみの部分的な相談であろうと思うが）ヴィランを中心に考えすぎていて、ヴィラン視点で言えば必然的な物語になってるけど、でもこれ主人公の物語だよね？　ヴィランの物語じゃないよね？　このまま書いたら主人公はヴィランに変更したほうがよくね？　ってことにならんかな？　たぶん自分で感動したって言ってる場面もヴィラン関係でしょ。
必然性を考えるのはメインだけで十分だと思う。

＞これであっているのか自信も目減りしていくし……
創作には失敗はあっても間違いはありませんよ。