神の視点について様々な解釈がありますが、私は「神視点の小説は読者の混乱を招きやすい」という点から、技術論だと捉えてます。

地の文でツッコミが入るからと言って、読者が混乱したりしませんよね。
「些細な一言が、のちに悲劇を生むとは、この時の太郎は思いもしなかったのだ」なんて文章も、ダサいかどうかはともかく、問題視する人は少ないと思います。

じゃあ神視点の何が、混乱を招くのか。
それは、乱雑な視点の移動と、俯瞰で描写するのって意外と難しいよね、ということではないでしょうか。

例を挙げると「あちら・こちら」という表現は三人称ではあまり使わない方が良いとされます。一元視点なら、問題ありません。視点者に近い方が「こちら」遠い方が「あちら」です。が、俯瞰で不用意に「あちら」なんて書くと、読者からすればどの方向を指しているのか、わからなくなります。

「突然」なんて表現も、誰にとっての突然なのかによっては、俯瞰の視点で使うと違和感が出ます。

そもそも、一元視点に対比しての神視点であれば、俯瞰の視点と捉えて論じるのが適当ではないですか。

一元視点で地の文にツッコミがあったとしても、違和感はありませんよ。

「黒いおみみのうさぎなの」
ツッコミの有無は置いておいて、誰の視点かだけを追いかけると、「その2」のイルークレオンが部屋を出るまでが彼の視点。それ以降がミイシャの視点です。
視点が揺らぐと感じたのは「その3」のガリオンとの絡みの部分でず。ですが、視点に注視して読んでいたため過敏になっただけで、普通に読んでいたら気にならなかったかもしれません。
「その4」は、イルークレオンからミイシャへと視点が変わります。部分的に揺らぎがありますね。
そして「その5」からは、時折登場人物の心内描写を交えながら俯瞰の視点で描かれます。

というのが私の解釈です。

他の作品については、仰る通り一元視点から神視点に変わるのかもしれませんね。