＞とりあえず、どうやら隕石が地球に近づいても重力の影響を受けて速さが速くなることはないらしい、
＞ということを理解できればOKでしょうか……。

　そうですね。イメージとしては胸の高さからボールを落とすと、ボールは地面に近づくにつれてだんだん速くなるのがわかるけれど、ボールを地面に向かって思いっ切り叩きつけたらボールはほとんど一直線に地面にぶつかる、みたいなことです。
　ボール(＝隕石)に最初から92km/sも勢いがついていたら地球の重力程度の力はあんまり関係なくなってしまうのです。

　重力の影響がまったくないわけではありませんが、太陽の引力も加味して最大の加速が得られるような角度から地球に落ちてくると仮定しても、計算が間違ってなければ初速度が92km/sのとき月軌道で92.027km/s、地表で92.704km/s程度という結果になりました。まあほとんど無視していいレベルの加速。
　ちなみにこのとき月軌道に隕石が達するのは魔法発動から1時間52分18秒後、地表に落ちるのが2時間59分57秒後です。地球と太陽以外の諸天体の影響や、地球の公転運動などによって多少のずれはあると思いますが、これより落下が早くなることはないと思います。

＞このままでは彗星が隕石となって3時間後には秒速92kmの速さで東京へ垂直に落下すると言われる。

　なるほど。ということはこの彗星は東京から観測してちょうど3時間後に天頂に位置するはずなので、北極星(真北の地平線から35度くらい上)を基準に右斜め上45度の方角に天球を55度くらい進んだ場所にいま見えているという計算になりますね。だいたい東北の空のそこそこ高い場所くらい？

＞光速の3倍の速度で迫りくる彗星は目視することができない。

　光速は秒速30"万"kmなので今回の隕石より全然速いですね(汗)。光速と比較するなら秒速92kmは光の3300分の1程度でしょうか。
　というか光より速い粒子はないので、もし超光速で接近する物体があったら『目視できない』どころかいかなる方法でも観測できないことになります。レーダーにしろ望遠鏡にしろ彗星の軌道変更を"観測"するためには彗星から出た何らかの粒子をキャッチして解析する必要があるので、いかなる粒子より彗星本体の接近のほうが早かったら粒子をキャッチする前に本体が地球に直撃してしまいます。
　そもそも光速を超えて物体が移動することを禁じる相対性理論とも矛盾しますし、いずれにしてもそんなことにはなりません。

＞このままの速度を維持したまま入射角90度で衝突すれば、地球は跡形もなく融けて消滅してしまうだろう。

　垂直落下は入射角0度です。入射角90度だと逆に隕石が地表に対して水平に飛んでくるという意味になります。
　また彗星ならどんなに大型のものでも地球が消滅する（衝突の衝撃でばらばらになって形を保てなくなるということ？）ほどの威力はないと思う。そこまでの破壊をもたらすためにはちょっとした大型衛星や小惑星サイズの質量が必要になってくるのでは……。たとえば、たぶん月がそのくらいの速度で地球に落ちてきたら地球はばらばらになると思う。
　ただ、地表の環境を人類が生息できない程度に激変させるためには直径10kmくらいの岩の塊で十分。巨大地震、巨大津波、そして爆発によって巻き上げられた塵による極端な日照不足と寒冷化。これにより生態系が崩壊します。人間のような比較的大型の動物はすぐに食料が足りなくなって滅びるでしょう。

＞部下「目標は、最大直径15㎞サイズまで粉砕成功、作戦完了です！」

　上述の通り最大直径15kmではまだ地球が危ない。No.2で『対処しなければならないサイズの隕石がどれくらいになるのかは知りませんが、直径５０ｍくらいという話があります。』と言われていますが、最低でも地球に落下する可能性がある破片についてはこのくらいまで砕かないとだめなんじゃないかと思った。

＞というか、何人くらい乗ってるもんなのかも分からないし、どうにか調べないと。

　零点エネルギー砲も宇宙戦艦も実在しないので、調べるって言っても限度があるような……。
　天体の軌道は現実の物理学に基づいたものだから、こっちのほうが正しいとか間違ってるとか言えるけど、完全に架空の技術になってしまうと現実世界との接点がないから"設定次第でどうとでもなる"としか言いようがない気がします。