まず質問します。
その構想の中で、スカーとベアトリクスのどちらがより重要な人物ですか？

私がご質問の文面から受けた印象では重要なのはベアトリクスの方なのかなと感じたのですが、どうなのでしょうか？
なぜそう思ったかと言うと、知人の方から「スカーを外すように指示された」と書かれていたからです。

＞「悪役が改心しないで仲間になるのはいかがなものか」

とも仰っていますが、そうであるならば、「まずベアトリクスがスカーと和解してしてから仲間になる方がよい」という方向のアドバイスになるはずです。そうではなく「スカーを外せ」となったのは、おそらくスカーがポジションのわりにキャラが立ちすぎ、またはしゃしゃりすぎてストーリーのバランスが悪くなっていると感じられたのではないかと。

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スカーとベアトリクスの重要度に話をもどします。
スカーも３人のレギュラーキャラの一人ということですから、重要でないということはないと思うんですね。
ただ、よりストーリーの本筋に近いのは、

・エリカとベアトリクスの物語。

・エリカとスカーの物語。

どちらなのか？、ということです。
質問の文章を拝見した限りでは、エリカと緊張感のあるドラマを作りやすいのはスカーよりもベアトリクスの方ではないかと思えます。
実力があるにも関わらず自然体でふるまう主人公エリカ。実力至上主義で他者に対する寛容性に欠けるベアトリクス。いかにも価値観が衝突しやすい二人だと想像できます。

でですね。
このストーリーがエリカとベアトリクスの物語だとすると、スカーのストーリー上のポジションはエリカとベアトリクスの関係を変化させる「触媒」だと思うんですね。対立のキーワードは「実力主義」だと思えるので、実力がないのにイキがるスカーというキャラはうまく使えば触媒として機能しそうです。ところが「スカーを外した方がよい」という感想が出てしまったということは、現状のプロットではスカーがそのように活かされていないという印象があるのではないかと。

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ベアトリクスについて。
このキャラ、そもそも悪役ということになるんですか？　文面からの印象ではどちらかというとクセの強いライバルという感じがします。後半に誘拐事件があるなら、悪役はそっち絡みで作ればいいと思いますが。

高慢で、気に入らない相手をいじめるお嬢様。一見、悪役令嬢っぽいですが、本人に実力が伴っていて、実力もないのにイキがる者を嫌うということなら、筋は通っています。そういうお嬢様なら、多少嫌味なほど高慢でも最近はわりと人気があるような気もしますが。
にもかかわらず、「改心しない悪役」という印象を与えてしまうとしたら。

・スカーに対するいじめが度をこしている。

・スカーが欠点はあるにしても「可愛げのあるイキリオタク」など、それなりに読者に愛されるキャラになっている。

などが考えられます。

なので、

ベアトリクスは実力至上主義の信条からスカーを許せず、つらくあたる。　→　実力至上主義ゆえ、エリカに敗北すると素直に仲間になろうとする。　→　スカーの態度が改まったわけではないので嫌いなのは変わらないが、エリカの意を汲んで手ひどい行為はひかえる。（冷たい視線を向けたり、チクチク皮肉を言う程度）

例えばこんな流れなら問題ないと思いますが。

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まとめます。

１）構想されているストーリーの本筋は何か、特に誰と誰が主軸となる物語なのか？

２）１によって、何を読者に伝えたいのか？

３）１・２の本筋に照らして、副次的な要素（仮にエリカとベアトリクスの物語なのだとしたら、スカーのポジション）が、狙いとミスマッチになっていないか？

４）１～３の設定が大筋で妥当だとしても、微調整が甘くなっていないか？　（例えば上記の、ベアトリクスやスカーのキャラ・イメージなど）

などを点検してみると良いのではないかと思います。