予想としては3つほど思い当たります。

①男の友情の代用品。
ハーレム女性は、なんか女性から見ても女らしからぬ行動が目立ちます。

ハレムちゃんは決して主人公をショッピングに連れ回しませんし、お化粧を買いあさらない、ヘアケアをしない、女子会で盛り上がりすぎて主人公を除け者にしない。男のついて来れない場所に行かない。
　トイレだって行きません。女は連れションするものなのに・・・・・ちなみに、女の連れションは武器防具の整備＆装備タイムみたいなもので、装備が不良だったり携帯用ポーション足りなかったりしても仲間の女と貸し借りできるので、単身で装備整えるより安心。
　あと、がち変質者とかがトイレに潜んでいた場合、数の暴力で自衛も可能なので女冒険者は連れション重要だと思う。ホラーではトイレ目的で単独行動取って、死ぬ。

女特有の空気読まない鬱陶しい過干渉もなく、「私がなぜ起こっているか分かっている！？」と共感を強要もしてこない。そもそもマジ切れして主人公を女で共闘して吊るし上げもしない。

美女の形をした、男友達の距離なんですよねー。
孤独は嫌だ、男の友情劇はムサイ。親友ポジションに女の子置いている感じ。
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昔、ＦＦ同人誌ネタで、ＦＦ主人公ズが男子会？みたいなの開く話が合ったのですが・・・・ハーレム主人公であるＦＦ3の主人公が泣いて感動するエピソードあって何得した。

ＦＦ3主人公、女子の群れに放り込まれた男子小学生（独りぼっち）みたいな状態だって（笑）ハーレムって要は女の群れだから、自然そうなりやすいんですよ。

あんな個々で主人公に好意を抱いてくれる【一匹狼女の群れ】でなく、女チームと奴隷ポジか、除け者ポジにされるのが自然ですね～。
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②画面かん重視

ジョジョのアニメ汚すぎて疲れるから女の子がいっぱい出てくる画面でほのぼのしたい。脚本は汚いおっさんが考えていても、キャストが女の子だとお花畑。
加齢臭120％よりほのかな人工おなご臭1％。けっこうそんな人多い。

萌えマンガの起点も、たしかガンダム張りに殺伐とした物語を作りたい人が、殺伐感を誤魔化すために登場人物をきゃわいい女の子にしたのが発端だったようです。

単に燃え系のカムフラージュとして萌え系。プリキュアとかもう白熱バトルものすぎて初めて鑑賞したときずっこけた。
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③女の子の友情＆異文化コミュニケーション

「主人公君って格好いいよね～」
「ね～」
「主人公君好き～」
「え～あたしも主人公クン好き～わたしたちお揃いだね～」
「ね～」
・・・という出汁にするためのハーレム。

コミュニケーションの共通会話議題にするの。俺っ娘や、わたくしガールが共通の話題で仲良くなる。好きなアニメではなく好きな男の話で盛り上がるの。
ジャンルによっては同担拒否ってのもあるそうですが・・・・基本ミュージシャンとかだと信者が多いほど儲かるし、好きな男の権力強くなりますから。

　自分の好きなものを好意的にとってもらえるだけで、人間は幸せになれる。女の子は共感性オバケです。

主人公は出汁でしかないよ。
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くらいかな？
①はついでに「こんな美人に大事にされるオレ」という自己肯定もあります。